Nejvyšší kontrolní úřad prověřil správu silniční daně v letech 2017 až 2020. Kontroloři se zaměřili na to, jak výběr této daně funguje, jakých výsledků finanční správa při jejím výběru dosahuje či jak je výběr této daně efektivní a administrativně náročný. Správa této daně je nákladná a její efektivnost je v porovnání s ostatními daněmi v ČR zhruba čtyřikrát nižší. Vliv na to má administrativní náročnost spojená se správou daňových úlev, pomalá automatizace i chyby v registru vozidel.
V letech 2018 až 2020 vybrala finanční správa na této dani za jednu korunu výdajů v průměru 15 korun příjmů. To je v porovnání s průměrem ostatních daní více než čtyřikrát méně – na všech daních vybrala finanční správa za jednu korunu výdajů ve stejném období v průměru 68 korun příjmů. V celkových číslech finanční správa vybrala jen v roce 2020 v rámci silniční daně přibližně šest miliard korun, což stálo zhruba 460 milionů korun.
Na nižší efektivitu silniční daně měl vliv například administrativně náročný způsob prověřování plnění daňových povinností. NKÚ zjistil, že pro správce daně je v některých případech obtížné ověřit to, zda měl poplatník nárok na osvobození od daně nebo slevu na dani – jde například o uplatnění slevy na dani u kombinované dopravy. Obtížně finanční správa ověřuje například i plnění daňových povinností u autobazarů, které provozují osobní vozidla do tří a půl tuny.
Vliv má ale i pomalá automatizace, která měla správu silniční daně zjednodušit. S tím počítala „Strategie rozvoje finanční správy“ z roku 2017, která plánovala maximální možnou automatizaci zpracování údajů. Do roku 2020 však k takovým změnám u silniční daně nedošlo. V praxi správci daně nemohou automatizovaně porovnávat údaje ze svých informačních systémů s údaji z registru silničních vozidel. Poplatníci zase nemohou při podání daňového přiznání pomocí online finančního úřadu využívat údaje z vyměřených daňových přiznání apod.
Správu daně ale ztěžují i problémy u již zavedených informačních systémů. Jde například o složité ověřování některých informací v registru silničních vozidel. U 16 % záznamů nelze zjistit součet povolených hmotností na nápravu u návěsů, více než 7 % záznamů pak obsahuje chybný počet náprav u nákladních automobilů a tahačů, u 6 % pak zase nelze určit přesné stáří vozidel. Tyto chyby znesnadňují finanční správě ověření údajů v podaných daňových přiznáních k silniční dani, ale znamenají i dodatečnou zátěž pro daňového poplatníka, u kterého finanční správa zahajuje řízení k odstranění nedostatků v jeho daňovém přiznání.
Od roku 2020 se o 25 % snížila sazba silniční daně u vozidel nad 3,5 tuny. Přestože se jednalo o změnu reagující na negativní dopady pandemie covidu-19, a tedy mimořádnou situaci, navrhlo ji Ministerstvo financí bez časového omezení. Výpadek příjmů z této daně tak může pokračovat i po odeznění hlavního důvodu, kvůli kterému tato změna vznikla. Inkaso silniční daně se zejména tímto opatřením meziročně snížilo o 525 milionů korun.
Se silniční daní je spojena také řada opatření, která mají motivovat k nákupu ekologičtějších vozidel. Jedním z nich je opatření původně z roku 2001, které zvýšilo sazbu daně o 15 % u vozidel registrovaných před rokem 1990. V roce 2008 se pak sazba zvýšila na 25 %. Toto více než 20 let staré opatření Ministerstvo financí ale věcně za celou dobu nezměnilo ani neaktualizovalo. V současnosti je neefektivní a nevede ke snižování průměrného stáří vozidel.
Silniční daň se týká podnikatelských subjektů a v České republice ji odvádí přibližně 830 tisíc poplatníků. Představuje přibližně 0,7 % daňových příjmů České republiky. (21.2.2022)